根据对随机对照试验的荟萃分析，不同种类的益生菌有希望用于抗菌素暴露引起的腹泻的治疗。
在4月的《美国胃肠病学杂志》（Am J Gastroenterol 2006；101：812-822）上，美国华盛顿大学的 Lynne V. McFarland博士指出，腹泻是抗菌素使用的常见并发症。由抗菌素诱导的艰难梭状芽胞杆菌病是腹泻和结肠炎医院内爆发的主要原因。为了获得益生菌使用是帮助抑制这些疾病的更多信息，McFarland博士检查了31项已发表的、涉及3100多名受试者的相关研究的数据。
综合结果显示，在25个试验中，使用益生菌可显著降低抗菌素相关性腹泻的可能（相关风险0.42）。另外6项试验显示，使用益生菌对艰难梭状芽胞杆菌病有类似的抵抗效应（相对风险0.59）。进一步的分析显示，非致病性酵母菌和鼠李糖乳杆菌GG以及益生菌混合物可显著降低抗菌素相关性腹泻的发生。然而，只有非致病性酵母菌抵抗艰难梭状芽胞杆菌病有效。
McFarland博士呼吁进行更广泛的研究，但是指出益生菌使用似乎显著降低抗菌素相关疾病的发生率。她总结说，有益的微生物可为标准治疗提供一种安全的替代。
